囚徒困境是博弈论最经典的案例之一，流氓软件则是人人喊打的过街老鼠。这两样东西很多人已经非常熟悉，不必我在这里罗嗦。把它们俩摆在一起，因为流氓软件的局面就是一个典型的囚徒困境。
假设只有两家公司A和B，如果公平竞争、不耍流氓，每个公司可以占有50%的市场份额；如果一公司耍流氓、另一个不耍，前者可以占到70%份额，后者只有30%；如果两个都耍流氓，大家势均力敌，仍是各占50%份额。耍流氓的另一个后果是公司的声誉受损，遭受唾骂。如此，可以做出下面的博弈（限于html的排版能力，不太标准）：
B：耍流氓
B：不耍流氓
A：耍流氓
各50%市场，都受唾骂
A-70%市场，受唾骂
B-30%市场
A：不耍流氓
A-30%市场
B-70%市场，受唾骂
各50%市场
从上面的表可以看出，无论对于A或B来说，谁不耍流氓谁就吃亏，耍流氓的后果只是受到唾骂，不耍流氓则会丢失市场份额，所以两者的优势策略都是耍流氓。推而广之，可以说明为什么市面上流氓呈前赴后继之势越来越多，因为在这种形势下每个参与者的优势策略都是耍流氓。
从表中还可以看出，一旦大家都耍流氓，竞争又回到均势。假如用户清除流氓软件，均势就可能被打破，存活率高的流氓软件将获得竞争优势。于是，耍流氓的手段必须开始军备竞赛，一方面要让用户越来越容易被感染，同时也要越来越难以被清除。
囚徒困境所以成立，关键在于耍流氓的不利后果只是“受唾骂”，而这在商业信用普遍缺失、声誉并非至关重要的当下，声誉的损失远远不及占领市场所带来的收益，因而不足以遏制耍流氓的冲动。如果商业环境不改变，指望各家公司不耍流氓，只能是一个不切实际的幻想。同样的道理，Google宣称“不作恶”并不一定意味着它道德高尚，而是在它所处的商业环境中，它难以承受作恶的代价。
要打破这个囚徒困境，必须改变博弈中的支付。假如政府有一个法令，规定凡是发布流氓软件的公司都必须关闭，也就是说耍流氓的得益为零甚至是负数，那么在博弈中，“不耍流氓”就会变成优势策略。